פנים הכנסייה האורתודוכסית מחולק בדרך כלל לשלושה חלקים: הנרתקס, החלק העיקרי והמזבח. המזבח הוא האתר הקדוש ביותר במקדש. שם מתרחש הנס של החלת לחם ויין על גופו ודם ישוע המשיח.
בכנסיה האורתודוכסית, המזבח מופרד מהחדר הראשי למתפללים על ידי קיר עם סמלים המכונים אייקונוסטזיס. המזבח עצמו תופס שטח קטן יותר מחלקו העיקרי של המקדש, בו המאמינים נמצאים בסגידה. מכיוון שהמזבח הוא המקום הקדוש ביותר של המקדש, הכניסה אליו מותרת רק לכמרים ולאנשים שיש להם ברכה מיוחדת של הכמורה.
במרכז המזבח נמצא כס הקדוש. על זה מתקיימת הקודש של האוהריסט במהלך הליטורגיה האלוקית. כומר עומד לפני כס המלוכה בזמן שירות. על כס המלכות עצמו יש צלבי מזבח, הבשורה, האנטימינים, כמו גם שומר המתנות והמנורה. בשומר המתנות, ישנן מתנות קדושות מיובשות להקמת המאמינים בבית.
בחלק הצפוני של מזבח הכנסייה האורתודוכסית יש מזבח. זה על זה שהכומר מבצע פרוקומודיה, מכין לחם ויין לקדמת האוחרית. בנקודה מסוימת בליטורגיה, לחם ויין בלתי יזומים מועברים לכס.
חלק בלתי נפרד מהמזבח האורתודוקסי הוא חנוכיה, שנמצאת מאחורי הכסא קרוב יותר לחלק המזרחי. חנוכיה היא מבנה של שבע מנורות או נרות. אם החנוכייה קטנה, היא יכולה להיות ממוקמת על כס המלוכה עצמו. חפץ דומה היה עדיין במזבח המשכן של הברית הישנה.
הקיר המזרחי של המזבח מעוטר בסמל של ישוע המושיע. לרוב הדימוי הקדוש מתאר את תחייתו של ישוע המשיח. חלק זה של המזבח נקרא המקום הגבוה. מול אייקון המושיע תלוי לרוב מנורה, ובמקום הגבוה מאוד יש מושב לאיש הדת.
בחלק הדרומי של המזבח מסודרים לרוב המקום לחתנה. יכול להיות שיש גם כיריים חשמליות שעליה יכול המזבח להדליק פחם לסנמרור.
כמו כן במזבח ניתן למצוא קברים עם תכריכו של ישו הנוצרי ובתולה הברוכה. מיקומם הספציפי של מקדשים אלה מצוין על ידי רקטור המקדש.
יש לציין כי פנים המזבח מעוטר באייקונים שונים או בציורי קיר. עלילות ציורים ותמונות קדושות יכולות להיות שונות. לפעמים אלה אירועים מההיסטוריה של הברית החדשה, במקרים אחרים - פניהם של קדושים, מלאכים או אם האלוהים.
