העונה השלישית של סדרת הטלוויזיה האמריקאית במדע הבדיוני "סודי ביותר", שכללה 24 פרקים, החלה ב- 22 בספטמבר 1995 ונמשכה עד ה -17 במאי 1996. השידור בוצע על ידי פוקס. הסדרה המשיכה לספר את סיפורם של סוכנים מיוחדים של הלשכה הפדרלית לחקירה (ה- FBI - פוקס מולדר (דייוויד דושובני)) ודני סקאלי (ג'יליאן אנדרסון). הדמויות הראשיות חוקרות מקרים של תופעות טבעיות ומסתוריות, המכונות מקרים עם החותמת "X".
העונה הסתיימה בסדרת שורות תסריט שהחלה כבר בעונה השנייה, והציגה כמה אלמנטים עלילתיים חדשים. הנרטיב העיקרי מתרכז סביב קונספירציה שמבקשת להסתיר סרטון נתיחה שלאחר המוות שנרכש על ידי מולדר, בחיפוש אחר הרוצח של סקאלי את אחותו והמסתורין שעוטף את מר X (סטיבן וויליאמס). לגבי העלילה של עונה 3, לראשונה, נפגעו דמויות כמו הזקן הראשון (דון סיק וויליאמס) ונגיף החייזרים השחור. בנוסף, העונה מציגה מגוון רחב של "מפלצות השבוע": הפרקים מכילים סיפורים עצמאיים ואינם משפיעים על המיתולוגיה הכללית של הסדרה.
העונה חרגה מהרייטינג של השניים הקודמים. פרק הבכורה "הנתיב המבורך" עלה לראשונה עם דירוג נילסן של 19.94 מיליון צופים, שהכפיל את הבכורה של העונה הקודמת. במהלך התוכניות, הרייטינג עלה באופן עקבי על 15 מיליון צופים, מה שהפך אותו לאחת מסדרות הטלוויזיה הפופולריות ביותר בטלוויזיה האמריקאית בעונת 1995-1996. העונה זכתה בעיקר לביקורות חיוביות ממבקרי הטלוויזיה וזכתה בחמישה פרסי אמי. פרקים רבים שנכתבו על ידי התסריטאי דארין מורגן, בפרט, "המנוחה האחרונה של קלייד ברקמן" ו- "מהחלל החיצון" ג'ו צ'אנג ", זכו לשבחי הביקורת כאחד הטובים בסדרה. מורגן עזב את הסדרה לאחר שסיים את עונה 3 בגלל חוסר יכולתו לעמוד בקצב האופי הדינמי של המופע. הוא חזר רק בעונה העשירית והאחת עשרה.
עלילה
סוכן ה- FBI פוקס מולדר נמצא חצי מת במדבר לאחר שהמעשן הורה לצבא לשרוף את המכונית עם עדות לניסויים מדעיים, בלי לדעת שמלדר נמצא בפנים. אינדיאני בנוואג'ו, אלברט גוסטין, מחזיר את פוקס מאלדר לחיים. בינתיים סקאלי בוחנת את המעורבות האפשרית של תוכנית למיגור אבעבועות שחורות לפני ניסויים גנטיים בבני אדם. היא גילתה שמדען נאצי שברח לארצות הברית לאחר מלחמת העולם השנייה התמודד עם Paperclip והתנסה במטרה ליצור הכלאה של בני אדם וחייזר. כתוצאה מכך, סקאלי נרצחת והרגה בטעות את אחותה מליסה, שהתבלבלה עם דינה עצמה.
בוחן את העדויות לנתיחה שלאחר המוות, מאלדר עובר על התחבורה הציבורית המסווגת של הרכבת הכלאית. פוקס מצליח להיכנס לאחת מהמכוניות האלה, שם הוא כמעט מת בידי שומרי הסינדיקט. עם זאת, המודיע מר X יציל אותו. סקאלי, בינתיים, הולכת לקבוצת נשים שנחטפה גם היא דומה לה, ופוגשת חברה אחרת בסינדיקט, המכונה הזקנה הראשונה, שטוענת כי הושמה בכרכרה דומה במהלך חטיפתה ונפלה קורבן לניסויים של מדענים יפנים.
צוותו של ספינת הצלה צרפתית, שמנסה להעלות צוללת מתקופת מלחמת העולם השנייה מקרקעית הים, הופך לקורבן של קרינה. היוצא מן הכלל היחיד הוא צולל שנדבק בטפיל שהתגלה בצוללת. הנגיף החוצני, השולט בגופות הקורבנות, כבש בסופו של דבר את גופתו של אלכס קריצ'ק, אותו פוקס מולדר חיפש ולקח במעצרו. כתוצאה מכך, הונח קריצ'ק הנגוע במכרה רקטות, ששימש להסתרת UFO והטפיל עזב את גופתו. בינתיים סקאלי מצליחה לאתר את לואי קרדינל, האיש שאחראי לרצח אחותה.
