הסרט השלישי, גברים בשחור, הוא המשך לקומדיה האמריקאית המפורסמת. שחקנים הם אותם טומי לי ג'ונס ווילי סמית '. את עבודתו של הבמאי שוב השתלט על ידי בארי זוננפלד, מפיק הביצוע של סטיבן שפילברג. בבתי הקולנוע החל הסרט ב- 23 במאי 2012.
הפעם את תפקיד הגיבור השלילי נלקח על ידי ג'יימין קלמנט, הוא מגלם את בוריס. זהו עבריין שברח מכלא לונר. הוא שורף בשנאה לסוכן קיי, שביולי 1969 תפס את הפושע והשאיר אותו ללא יד. כשקאי מגלה לפתע שבוריס התמודד, הוא מביע צער רב שלא הרג אותו במהלך המעצר. לאחר מכן, הסוכן פשוט נעלם, ורק ג'יין זוכרת שהוא היה קיים. שאר אנשי הצוות בשחור חושבים שקיי נפטר בהתנגשות עם עבריין כלשהו בשנת 1969.
ההסבר היחיד למהפך זה של המציאות הוא שינוי בעבר. ג'יי והסוכן O מחליטים כי בוריס היה זה שהיה מעורב. אישור לכך הוא אירוע נוסף בסדר גודל קוסמי - הפלישה למירוץ בוריס על כדור הארץ. במציאות הקודמת זה היה בלתי אפשרי, מכיוון שקיי התקינה על כדור הארץ מכשיר הגנה בשם "ArcNet". כעת, בקשר למותו של הסוכן לפני כמה עשורים, לא הייתה לכדור הארץ שום הקרנה מאויבי החלל.
ג'יי מגלה שבוריס נשלח לעבר על ידי ג'פרי פרייס, סוחר אלקטרוניקה שעבר חילוף זמן לא חוקי בארסנל שלו. לסוכן אין ברירה אלא לחזור אחורה בזמן להציל את בן זוגו. והוא נעצר מייד על ידי קיי הצעיר. בחקירה ג'יי מספר לו הכל, ובן הזוג לעתיד מאמין. יחד הם מוצאים את הגריפין הארקני, שיש לו את ארקנט. כעת שלושתם ממשיכים במסעם ויצאו לביסוס הגנה על הירח. אבל על רקטה הם נעצרים על ידי הקולונל. כעת הוא הופך להיות שומר התעלומה של ג'יי.
מרגע זה מתרחשת התפתחות מהירה של אירועים. גיבורים נפגשים עם שני בוריס ומתרחשת קטטה. עבריין מהעתיד נזרק למכרה טילים, ובוריס הצעיר הולך גם אחריו. הגנת כדור הארץ מותקנת. ונראה שהמשימה של ג'יי הושלמה, אך באורח פלא מופיע פושע צעיר ששרד. הקולונל מת, אך בוריס מצליח להיהרס. ובסרט מופיעה דמות חדשה. ילד יוצא ממכוניתו של הקולונל ומתחיל לחפש את אביו. הסוכן מזהה את עצמו. ג'יי חוזר בזמן ופוגש את קיי בבית הקפה. הכל חזר.
