עד כה התיאוריה של הופעת היקום הפכה ידועה, והסבירה את מקור החומר מנקודה חומרית ראשונית מסוימת. מושג זה נקרא תיאוריית המפץ הגדול.
על פי תיאוריה זו, העניין הראשוני היה נקודה שנדחסה תחת טמפרטורה וצפיפות גבוהה מאוד. בשלב מסוים התרחש פיצוץ, והנקודה החלה לצמוח במהירות מדהימה. במקרה זה, הופיעה עננה, שממנה יצאו אטומים, מולקולות, כוכבי לכת, כוכבים - כך קם היקום. ייתכן שהתהליך שתואר לעיל אינו מקרה בודד. אם שוב חוזר פיצוץ דומה, יתכן ויעלו יקומים אחרים שאינם שונים בפרמטרים ובמאפיינים מהיקום שלנו. כיום, מרבית המדענים סבורים שיש מכלול מסוים של יקומים, אחד מהם אנו יכולים לצפות מבפנים. יתכן שביקום אחר אין חיים כלל, ובהתאם, אין בו צופים. אלטרנטיבה למושג המפץ הגדול היא: מודל התנודה של היקום ומודל הקוונטים. המודל הראשון מניח שהחומר תמיד קיים, גדל ויורד במרווחי זמן שונים. יתרה מזאת, כל מחזורי השינוי מלווים בפיצוץ גדול. המודל הקוונטי מניח שכל החלקיקים היסודיים יכולים לפתע להופיע ולהיעלם בוואקום, מה שמסביר את מראה היקום והחומר. הוואקום עצמו הוא נייטרלי: אין לו מטען, אין מסה, אין פרמטרים אחרים. יתכן שהוואקום כולל מטריקס כלשהו, לפיו קרינה וחומר יכולים להתרחש. השאלה כיצד התרחש היקום נחשבת גם על ידי התיאולוגיה. המאמינים באלוהים מסבירים את הופעת היקום כמעשה של יצירת אלוהות גבוהה יותר, שבעוד כמה ימים ברא את החיים יש מאין. התיאוריה המכניסטית של הופעת הסלניום מסבירה את תהליך יצירת החומר, תוצאה של פעולת חוקי טבע מובנים לחלוטין. בנוסף, תומכי התפיסה הזו של הופעת כל החומר מכחישים לחלוטין את קיומם של כוחות עליונים או אלוהות אוניברסאלית.
