בימי הביניים מסדר הבונים החופש היה נפוץ מאוד, הוא כלל את המוחות המתקדמים ביותר שהובילו את החברה במאה ה- XVII: בוקל, בייקון, לייבניץ, ג'אן קומניוס, פרצופים של דם מלכותי. מטרתם של הבונים החופשיים, על פי הצהרותיהם, היא לשאת ולשמר ברכות רוחניות לכל האנושות כולה. כיום, סדר זה מורכב גם מאלפי אנשים. סימני ההיכר של קהילה זו היו הסודות המפורסמים החופשיים.
שינוי באמנת הבונים החופשיים התרחש בשנת 1717, כאשר הבונים החופשיים הפכו ל"ספקולטיביים "(או" פילוסופיים "). כל חברי האחווה נצטוו לשמור על מילים, שלטים ולחיצות יד מסוימות בסוד, הם היו צריכים לכבד אותם ולהימנע מהפגנתם בפומבי. עם הזמן התעלומה הפכה לחלק בלתי נפרד מהכת, ולמרות פרסום סודות רבים בשנת 1730, הבונים החופשיים לא חדלו לכבד את אמנתם.
אחד הסודות המרכזיים של הבונים החופשיים היה טקס חריג ומסובך מאוד של קבלת חברים חדשים לחברה (התיבה). כשהוא מכוסה בעיניים, ה"חולל "הובא למקום מסוים בו כבר התאספו שאר חברי הקופסה. לאחר שצעד על השלטים החתומים (משמעותם התגלה רק לאחר כניסתו לפקודה), הוא קורא בחגיגיות את נוסח השבועה. במקרה של בגידה או גילוי סודות, הוא מסגיר את נשמתו למאבק הנצחי, ואת גופו - מוות מחרב אחיו. לחבר החדש מועברת סינר עור לבן, סמל לאחוות הבונים, כפפות גברים ומרית כסופה - מעתה והלאה הוא נקרא "לבנות את המקדש הגדול של האנושות".
הטקס יכול להיות שונה במקצת עבור לודג'ים שונים - שלטים סודיים, מילים חשאיות, דמויות הוענקו לחברים המקובלים, ונעשו קעקועים שבונים חופשיים אחרים יכלו להכיר. סוד עוד יותר ופחות ידוע היה טקס החניכה במידה גבוהה יותר - באופן כללי, היו 33 מדרגות בסולם ההיררכי של הבונים החופשיים.
העיקרון של המסדר הבונים החופשיים מבוסס על סודיות. הבונים החופשיים המודרניים מחשיבים את עצמם חזקים מספיק, ולכן אינם רואים את הצורך בקונספירציה, אך מודעות כללית אינה יכולה לכסות עבודה סמויה, החופשית הנסתרת. לאחר שנשבע לשתוק בטקס הכניסה לתיבה, חבר התיבה מחויב כעת למלא אחר כל הוראות חברי העמותות הגבוהות יותר.
לתלמיד אין מושג על עבודתו של חבר, שבתורו אינו יודע דבר על יעדיו ועבודתו של המאסטר. סטודנטים מכירים רק מעט חברים בתיבה, השאר לא מוכרים להם. באותו אופן, המאסטר מכיר את הממונה המידית שלו, ואינו מכיר את השאר (אם כי, אולי, הם גרים בשכנות אליו). מערכת חברה סודית כזו פועלת בכל רמות ההיררכיה. הצו שניתן מלמעלה מבוצע במשתמע ובסתר.
הבונים החופשיים, הממוקמים על המדרגות התחתונות, ממלאים את התפקיד של רק מבצעים. הסודות העיקריים מוסתרים בראש הפירמידה - רק המאמינים והנסיכים של האכסניה הבונים החופשיים מכירים אותם. רק הם קובעים את המטרות האמיתיות של הסדר - ושולטים בכל האחרים. הידע הקדוש הוסתר בקפידה מכל הסובבים, עד כי אי אפשר לגלות תעלומות רבות של מאות שנים.
